（株）ボーゲンファイルは 遺伝子解析受託サービスを提供しています。 ゲノム創薬等の分野に役立てています。 農業環境研究所の三中信宏博士やチュラルテック（株）と 共同で自社開発したシステム：Bogenを用いて 入力である塩基配列から系統樹を計算し、 また、タンパク質の復元・合成を計算しています。 膨大な組み合わせの中から高速で高精度の最適解を計算しています。

                     11111111112
Taxon/Node  12345678901234567890
--------------------------------
sample00    CTGACAGGGACCCTCTTGTA
sample01    TAGCAGCAGTTGTGCATTTG
sample02    TTGCCACTCATAGCCTTCCG
sample03    ATGGAGAGAAGCGCGGGCCA
sample04    CTAGAAGATAATGTCGGGCC
sample05    CTTGAGCGCGCCAAGCCCCA
sample06    GGCATTTGTAGGCAGGTTTC
sample07    CTCTCCCGCAGGGGCAATGT
sample08    GTACATTCGGTAGAACATAA
sample09    CGCTGGAATTACATTCGCCG

  /--------------- sample00
  |
  |                            /------------------- sample01
  |                            |
/18      /--------------------12       /---------------------- sample02
| |      |                     \------11
| |      |                             \----------------------------- sample07
| \-----14
|        |              /----------------------------- sample06
|        \-------------13
|                       \--------------------------------- sample08
|
|                              /--------------- sample03
|                              |
|                /------------16       /------------------------- sample05
|                |             \------15
\---------------17                     \----------------------------- sample09
                 |
                 \-------------- sample04

過去「系統樹」は生物進化の過程を調べるのに 重要なツールであった事は事実でありますが、 最近この「系統樹」が生物進化の過程を 調べる学問だけの分野から、 この「系統樹」が産業界(ゲノム創薬、農業の品種改良等)の分野での活用が 要求されはじめました。 そこで「系統樹」推定の方法としては、 最節約法、最尤法、距離法(近隣結合を含む)の方法が一般的ですが、 それぞれの長所と欠点があり、これを理解して活用することが 大変重要であるにもかかはらず、「系統樹」であれば どの方法を使用しても同一であると考えられているのが現状です。 距離法だけが先行して、「系統樹」全体では よい活用方法があるにもかかわらず、 「系統樹」に対する評価は低いものでした。

産業界が「系統樹」を使用する立場で 長所、短所を列挙します。

「系統樹」の距離法ソフトは無償である為に、 バイオ関係のコンピューターに標準装備されていが、 距離法で計算されたがため、 「系統樹」の活用が産業界では有効でありませんでした。

最節約法で祖先配列から人工タンパク質の発見へと、 データー量の膨大の中から標的を絞り込む事、 近縁関係をより正確に把握出来る事、が産業界では大変に重要です。 更に、最節約法で当社が開発したソフトウェア：Bogenは、 計算時間も短時間で精度にも優れています。 最節約法の活用で良い研究成果を揚げて下さい。